После прокачки не равномерно тормозит Тойота Королла 9

Стоит заехать на тормозной стенд. Там получите распечатку по каждому колесу. А так надо снимать суппорты и смотреть, произвести переборку.

Если меняли колодки, то достаточно немного поездить, чтобы они притёрлись.
Если меняли колодки на дисковых тормозах, то могут неравномерно выходить поршни в тормозных суппортах из-за накопившейся ржавчины на них. Надо было перед вдавливанием поршней, проверить нет ли там под пыльником грязи. В случае загрязнённости очистить поршни или заменить их на новые и поменять прохудившиеся пыльники

Если меняли ГТЦ или тормозные шланги, тогда оставшийся воздух в системе может препятствовать равномерному торможению.
Прокачали все колёса? По схеме к вашей модели авто?